Среди ботаников идут споры о том, является ли кедр атласский отдельным видом рода Кедр или подвидом кедра ливанского. В 1855 году французкий ботаник Эли Абель Каррьер впервые классифицировал его как отдельный вид. Но ботаник Дж. Д. Гукер считал, что кедр атласский является разновидностью кедра ливанского.
От кедра ливанского отличается другой кроной, более короткой хвоей и меньших размеров шишками.
Представляет собой высокое дерево 40-50 м в высоту с диаметром ствола 1,5-2 м. В молодости быстрорастущий. Крона рыхлая, пирамидальная, с возрастом вершинка становится более плоской.
Хвоя синевато-зелёная, собрана в пучки, длина хвоинок до 2,5 см.
Шишки цилиндрические, до 10 см длиной. Семена длиной 10—12 мм, с крылом до 15 мм.
Шишки и хвоя короче, чем у кедра ливанского.
Кора темно-серая, трещиноватая.
Древесина смолистая, имеет сильный сандаловый запах.
Кедр атласский морозоустойчив (до −20 °C), он также легче ливанского переносит засуху.